水族历史上曾出现过两次举族大迁徙。殷商亡国之后，部分殷人南迁融入百越族群。这是水族先民的第一次迁徙。公元前2世纪，秦王朝统一中国之后发兵征剿岭南。水族先民举族第二次大迁徙，从百越母体中分离出来，由南方溯流进入龙江、都柳江上游地带生息，大致形成后世分布的格局,并逐步向单一民族迈进。水族先民水族经历了八九百年相对比较稳定的发展，到了唐代逐步发展成为单一民族。水族的族名以“水”代“睢”，与唐代设置的抚水州有关。开元年间（713—741年），唐朝在今黔桂交界的环江一带设置以安抚水族先民为主体对象的羁縻抚水州，这是中央王朝对自称“睢”族群的确认，标志水族以单一民族身分跻身于中华民族之林，族名从此以“水”代“睢”。据《唐书·地理志》、《唐书·南蛮传》载：“贞观三年，东谢蛮首领谢元深入朝……以其地为应州，拜元深为刺史，领黔州都督府。”“贞观三年，以东谢首领谢元深地置县五:都尚、婆览、应江、陀隆、罗恭。”“开元中，置莪、劳、抚水等羁縻州。”据考证，应州及属下都尚县的治地为今三都水族自治县上江镇；婆览县治地为三都县恒丰乡，后世称为水婆；应江县治地为榕江县平永乡；陀隆县为台江；罗恭县为雷山县。宜州北面的抚水州在今广西北部之环江一带。从贞观三年至开元年间(629—741年)的100余年间，唐王朝相继在水族地区设置经制应州，羁縻抚水州、莪州、劳州、环州，以及都尚县、婆览县、应江县、罗恭县、抚水县、京水县、多逢县、古劳县等建制。在水族历史上，这是史无前例的辉煌，对推动水族成为单一民族，促进水族地区的政治经济和文化发展，都产生了深远的影响。

　　水族的族名此后在一些私人的著述及史籍中出现，明末邝露《赤雅》有“亦僚类”之说。在清代及民国的史籍中，出现水家苗、水家夷、水家等称谓。过去的一些史籍中，把少数民族视为未开化的族群。“亦僚类”之“”就是历史留下蔑视水族的遗迹。1957年，国务院批准成立三都水族自治县，族称定为水族。

　　隋唐时期，湘、黔、桂边境一带统称为“溪洞”之地，住在这里的少数民族处于部落、部族阶段，部分从事刀耕火种的农业。在《宋史》中关于抚水州（包括抚水、京水、多逢和古劳四个县，主要为今广西环江一带，及毗邻贵州省荔波县的部分地区）的记载，可以看到“夹龙江居”水族社会发展的轮廓。当时，这里的农业生产已有相当的发展，平地广种水稻，有“种稻似湖湘”之记载，酋长居住的地方有“楼屋战棚”，并有栅栏护卫。“其酋皆蒙姓……民则区、廖、潘、吴四姓。亦种水田，采鱼。”为了反抗封建王朝的高压统治，抚水州的水族上层还组织地方武装，多次“犯边作乱”，威胁到中央王朝的统治。同时，水族首领还私自铸造水书大钱。从蒙令、蒙汉诚、蒙虔玮、蒙填、蒙顶、蒙承贵到蒙赶称帝，抚水州都几乎没有停止过反抗压迫的活动。宋大中祥符九年（1016年），抚水州蛮“数寇宜（山）融（水）州界，转运使俞献可招抚，群蛮抗命，侵略不已”，后命平州刺史曹克明领兵征讨追斩殆尽。“诏以抚水州为安化州，抚水县为归仁县，京水县为长官宁县”。为防止水族人民再与朝廷抗衡，宋王朝除改抚水州名外，还有意识地把水族人民迁移到汉族地方安置。《宋史》载：“愿迁处汉地者七百余口，诏分置广西信荆湖州军，以田粮。”宋朝出台这一决策之目的，就是要分化瓦解水族社会实力，从根本上消除西南地区隐患。从此水族社会日趋衰微。

　　宋末元初，水族已进入封建社会。蒙姓贵族在龙江上游的广大地区建立了封建领主制度的形态，但仍保留着较浓厚的农村公社色彩。表现在领主对辖区内土地并无绝对的支配权，人身依附关系并不牢固，而且在社会基层组织的“洞”或“寨”内，成员还有一定的独立自主权。“洞”、“寨”内有自己的领袖“都老”管理内部事务，遇有战事则敲击铜鼓或吹牛角，由“都老”召集成员参加战斗。成员可以自由使用洞、寨公有的山林、牧场，但经过开垦的土地则归垦者占有。对封建领主的贡赋亦以村寨作为负担单位。

　　元朝政府对西南少数民族实行招抚政策，设置了一套从路到总管府、军民府的统治机构。1283年，四川行省参政曲立吉司用武力镇压了贵州南部“九溪十八洞”的少数民族，加封少数民族首领为世袭土官，通过他们来统治少数民族人民。不久，邻近的烂土、陈蒙等处的“洞长”也接受了元朝的封号，改陈蒙、合江两洞为州并增设了陈蒙、烂土军民安抚司。规定按期向封建王朝纳贡丹砂、雄黄以及马匹、雨毡、刀等物。

　　明代，水族地区的社会经济有了显著的发展。在农业生产方面，由于生产工具的改进，在较平坦的地区新开了很多水田。在过去采用“刀耕火种”的山区，也已开辟为梯田，改变了过去“不以牛耕”的习惯，兴修水利，灌溉田亩，生产技术有所提高，粮食产量有了增长。生产力的发展提供了更多的剩余产品。另一方面，由于大量开垦，出现了许多不向土司、土目交纳负担的“私田”，农民间分化出一部分新兴的地主阶级，领主经济逐渐向地主经济转化。依附于农业的家庭手工业也有了显著的发展，特别是手工业纺织产品不但可以自给，还有剩余拿到市场出售。定期赶集的初级市场也在不断形成，并出现了较大的集镇。驿站的普遍设置，在客观上便利商旅的往来，与外地经济往来联系更加密切了。随着江南汉族移民大量迁入，带来了先进的生产技术，水族人民与汉族人民互相学习，友好相处，对水族地区的经济文化发展起了促进作用。

　　明代沿袭元代分封土官的办法，在水族地区设置土司。水族人民不仅要向封建王朝交纳赋税，同时还要给土司、土千总、土目服无偿劳役和各种杂派，如耕种“印田”、“塘田”、“夫田”、“鼓手田”、“筷子田”等，种某项田的农民就要负担差役或交纳某种实物，种“夫田”的要给土司抬轿。土司家庭的一切糜费、鸡鸭、柴草以至筷子，都要农民定期交纳。土司拥有官吏、军队、法庭和牢狱，对农民有生杀予夺之权。明代在加强土司制度的同时，在有条件直接统治的地方，则逐步实行“改土归流”。如明初，封建王朝以武力消灭了荔波的蒙、皮、雷三姓土司以后，分置方村、蒙村、穷来村三个巡检司。1506年又改司设县，委派流官统治。在明代封建统治阶级和土司的剥削压迫下，水族人民和邻近各族人民的反抗斗争此伏彼起，较大的就有十多次。今榕江县境内的八开土司、三都县境内的甲早白姓土司等，也与当地的水族发生过多次纠葛抗争。1432年水族人民在韦翁同的领导下，反抗烂土土司的斗争；1479年水族人民支持苗族人民反抗安宁土司的斗争；1489年水族人民围攻镇压人民的军事据点杨安堡等。

　　从清初到鸦片战争的200来年间，水族地区的社会经济有了进一步发展。农业生产有了显著的提高，在平坝地区，水稻亩产可达三百斤以上，已有少数从农业分离出来的独立手工业者，在烂土、三脚屯及荔波县城等城镇出现了小规模的手工业作坊。根据嘉庆年间的记载，当时手工纺织技术已达相当水平，烂土出产的斜纹布，称为“顺水班”，行销邻近各县。商业也逐渐发展起来，乾隆时，仅三脚屯州洞辖区内，农村初级市场即有14个之多，来往商旅络绎不绝。清朝统治者为了加强对水族人民的统治，在水族的土司辖区内增设流官。这时地主经济有了相当发展，农民的土地大量被地主霸占。至19世纪初期，水族地区已出现了拥有一千多亩田的大地主，通过地租、高利贷，对劳动人民进行剥削。英勇的水族人民与临近各族人民掀起了多次反抗清朝统治者及本民族剥削阶级的斗争。1803年，荔波知县胡苍睿等一批赃官在赴任途中被水岩的水族农民全部消灭。从此以后，清政府派到荔波的官吏，“莫不心怀畏缩，裹足不前”。

　　19世纪80年代以后，帝国主义势力直接深入水族地区。农民被诱迫大量种植鸦片，每年沿都柳江外运的鸦片达数十万两，农村生产力遭到了破坏。过去水族妇女纺织的传统的“水家布”，因质地牢固而不易褪色，行销远近，这时也由于洋布、洋纱的输入而受打击，传统纺织业变成了洋纱加工手工业。

　　辛亥革命以后，民族资本有过微弱的发展，在今三都水族自治县内开办铁、汞、锑等矿厂，但终于为国民党官僚资本所垄断，买办资本家大肆掠夺水族地区盛产的油桐、五倍子等土特产，地主阶级大量兼并土地，地租剥削由“对半分”变为地主收六成甚至七成，加上高利贷和雇工等剥削，逼得许多农民倾家荡产。法国传教士在黔南设立了一些天主教堂，连三都县九阡镇板南村也建起教堂，教会与地主阶级相勾结，横行霸道，欺压人民。

　　帝国主义扶持的地方军阀连年混战，给人民带来极大灾难。1922年，云南军阀张开儒部路过水族地区就拉去民夫一万余名，沿途病死者不计其数。各派军阀竭力收编和扩大土匪武装，形成了军阀、地主、土匪三位一体的统治。从当时流行的谣谚可窥出水族地区的状况：“官如匪，兵如篦，保安团过如刀剃。”“穷人头上三把刀，官家压、地主剥、土匪烧。”在官匪联合统治下的二、三十年间，水族聚居的一些地区人口减少了1/3，农村荒凉，劳动人民大多过着吃蕨根、盖秧被、以灰水代替食盐的悲惨生活。

　　近代水族人民进行过多次的革命战争，其中规模较大的是19世纪中叶的农民起义和20世纪初的反帝爱国运动。1855年，在太平天国革命的影响下，水族人民在潘新简的领导下，团结周边布依、苗、侗、汉族人民，投入“咸同起义”，参加者达数万人之多，转战黔南桂北，坚持斗争达18年之久。起义军所到之处，打倒官僚、地主恶霸，废除苛捐杂税，得到各族人民的热烈支持，与太平军、捻军及回民起义军共同构成了当时全国人民反抗清朝统治者的大风暴。1906年三月，水族激于帝国主义传教士在水族地区的罪恶行径，与当地周边民族一起拿起武器坚持战斗年余，攻打都匀府，打开监狱，救出蒙难群众，捣毁教堂，先后参加斗争的群众达10万人以上。

　　在新民主主义革命时期，水族人民进行了多次反对封建军阀的斗争。1930年，中国工农红军第七、八军经过水族地区，组织群众，打土豪，分粮食，宣传党的政策，播下了革命火种。水族群众积极地给红军带路和运送粮草。1943～1944年间，水族人民为反抗征工、征粮、征兵，围攻三都县城。都匀套头地区围歼前来掳掠的国民党黄瑶部队，掀起了反抗国民党统治的斗争高潮。1944年11月下旬，日本侵略军侵入贵州，“黔南事变”爆发。日军在黔南横行的18天，践踏荔波、三都、独山、丹寨、都匀等县市，进退均经过水族地区。为保家卫国，英勇的水族人民奋起反击，打响了贵州民间抗日的第一枪和最后一枪。在这次反抗侵略斗争中，水族和周边各族人民自发组织起来战斗，共击毙日军百余名，缴获一大批军械，谱写了一曲壮美的卫家保国颂歌。1949年，水族进步的知识分子潘文兴，联络布依族知识分子覃杰等，秘密组织武装游击队攻克国民党盘踞的荔波县城，移交中国人民解放军接管，迎接新中国的诞生。