2016年是红军长征胜利80周年，在此背景下，2016年9月1日晚上八点，本届《开学第一课》定名为“先辈的旗帜”。撒贝宁、董卿、何炅三位班主任邀请到了多位亲历长征、平均年龄逾百岁的老红军参与节目，在“信念不移”、“勇往直前”、“百折不挠”、“坚持不懈”四节课中分别讲述了自己的长征故事。

99岁的胡正先是红军的“千里眼和顺风耳”，身为通信兵，他在没有汽油、柴油维持电台发电的极端环境下，靠提炼的猪油和牛油维持电台的正常运转。嘉宾贺陵生讲述了他的父亲——“独臂将军”贺炳炎的故事。在没有麻药的情况下锯去受伤的右臂，贺龙拿着贺炳炎用手绢包裹着的骨头渣子对战士们说：这就是红军的硬骨头！贺炳炎还被毛泽东称为“唯一一个不用敬军礼的将军”。

104岁的老红军秦华礼则讲述了自己和伙伴们在长征中“移动的通信学校”克服困难坚持学习无线电技术。而著名红军之魂耿飚之女耿莹则生动的向同学们展示了红军长征时穿的草鞋，红军一天最远行军240里的奇迹就是穿着这样的鞋子创造的。航天员王亚平则讲述了航天人的新长征，告诉孩子们长征火箭、神州飞船背后的航天精神以及中国航天事业艰苦而光荣的历程。正是这样的代代传承，长征精神才得以流传至今。正是有了先辈们的旗帜，21世纪的孩子们才更能够树立清晰的目标，走好这一代人的长征路。

本届开学第一课再次邀请到了“资深课代表”TFBOYS献唱主题曲《第一课》，轻快节奏配合律动舞蹈拉开课堂序幕。李谷一、凤凰传奇、蔡国庆、平安、侯勇等也加入到了课堂中来，为课堂平添活力。此外，《开学第一课》背后优秀的团队也同样引人关注。今年的《开学第一课》舞台以红色为主色调开场前的舞台背景是一座座红色的高山，一面五星红旗覆盖了整座山峰。在国旗的一侧是一座约5米高的雕塑，雕塑细致刻画了一群扛着旗帜长征中行军的红军战士。这座雕塑是由中国美术馆馆长吴为山全心投入，耗时十天闭门创作的成果。

总导演田梅正是邀请“鲜肉偶像”想法的提出者，她致力于在主题先行的前提和框架下，将节目打造成被青少年喜爱的节目，真正做到寓教于乐。顾问智囊团朱海、党史专家谢春涛、现场导演胡巨英等各方专家都是《开学第一课》背后的力量。